Việc phá hủy Thánh đường Babri và một số thánh đường khác trong ngày 6 tháng 12 khiến người Hồi giáo toàn Ấn Độ phẫn nộ, kích động nhiều tháng náo loạn giữa các cộng đồng khi người Ấn Độ giáo và Hồi giáo tấn công nhau, đốt cháy và cướp phá nhà cửa, cửa hàng và địa điểm thờ tự của nhau. Một vài nhà lãnh đạo trong BJP bị bắt giam, và chính phủ cấm chỉ VHP hoạt động trong thời gian ngắn. Tuy vậy, các cuộc náo loạn tiếp theo lan đến các thành phố như Mumbai, Surat, Ahmedabad, Kanpur, Delhi và các nơi khác, kết quả là trên 2.000 người thiệt mạng, chủ yếu là người Hồi giáo.[30] Chỉ riêng náo loạn tại Mumbai trong tháng 12 năm 1992 và tháng 1 năm 1993, với vai trò quan trọng của Shiv Sena, đã khiến cho khoảng 900 người thiệt mạng, ước tính tổn thất về tài sản là khoảng 90 tỷ Rupee ($3,6 tỷ).[37][38][39] Hành động phá hủy cùng các náo loạn tiếp sau nằm trong các yếu tố chính đằng sau đánh bom Bombay 1993 và nhiều náo loạn tiếp theo trong thập niên sau.[40] Các tổ chức Jihad như Mujahideen Ấn Độ dẫn việc phá hủy Thánh đường Babri làm cớ cho các hành động tấn công khủng bố của họ.[41][42]

Chính phủ một số nước láng giếng chỉ trích Chính phủ Ấn Độ không ngăn chặn được hành động phá hủy và bạo lực cộng đồng sau đó. Cũng có các cuộc tấn công trả thù người Ấn Độ giáo tại Pakistan và Bangladesh.[43]

Ngày 16 tháng 12 năm 1992, Bộ Nội vụ Ấn Độ cho lập Ủy ban Liberhan nhằm điều tra việc phá hủy Thánh đường, dưới quyền của cựu thẩm phán tòa án tối cao M. S. Liberhan. Sau tổng cộng có 399 phiên họp trải dài trong 16 năm, Ủy ban cuối cùng đệ trình báo cáo dài 1.029 trang lên Thủ tướng Manmohan Singh vào ngày 30 tháng 6 năm 2009.[44] Theo báo cáo, sự kiện ngày 6 tháng 12 năm 1992 tại Ayodhya "không phải tự phát hay không có kế hoạch".[45]